La Presidenza dell’Euroregione Alpi Mediterraneo è organizzata in base ad un sistema di avvicendamento ogni sei mesi. Dopo la Regione Piemonte, la Regione Autonoma Valle d'Aosta assicura la presidenza dell’Euroregione per il 1° semestre 2010 ; la Regione Provenza-Alpi-Costa Azzurra le succederà nel 2° semestre 2010.
> Vedere la presentazione della Presidenza Rhône-Alpes dell'Euroregione
La Conferenza dei Presidenti è composta dai Presidenti delle cinque Regioni : le schede d’identità. La Conferenza dei Presidenti si riunisce più volte l’anno, nella Regione che assicura la Presidenza, oppure a Bruxelles.
Un Comitato di pilotaggio tecnico si riunisce regolarmente per animare i progetti trasversali dell’Euroregione (comunicazione dell’Euroregione, coordinamento dei gruppi di lavoro tematici, strategia globale dell’Euroregione…).
Al fine di favorire l’emergenza di strategie e di progetti comuni in seno all’Euroregione Alpi-Mediterraneo, sono stati costituiti cinque gruppi tematici. Ciascun gruppo, dotato di un capitolato d’oneri preciso, è animato da una Regione :
Per dare all’Euroregione la capacità di realizzare i propri obiettivi, i Presidenti dell’Euroregione hanno deciso di costituire un Gruppo Europeo di Cooperazione Territoriale (GECT), struttura che piloterà l’Euroregione Alpi-Mediterraneo e le conferirà un’esistenza giuridica.
Creato dall’Unione europea nel luglio del 2006, tale strumento faciliterà la messa in comune di risorse delle cinque Regioni e permetterà all’Euroregione di realizzare le proprie iniziative ed i propri progetti. Il GECT potrà così mettere in opera, per conto delle Regioni, progetti di cooperazione finanziati dall’Unione europea.
Il GECT disporrà inoltre di un ufficio di rappresentazione e di un’équipe amministrativa a Bruxelles, in prossimità degli organismi di decisione amministrativi e politici comunitari ed europei.